Nommé professeur à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne en 1969, Emmanuel Mooser enseigne la physique des semi-conducteurs et mène des recherches sur les applications des méthodes de mesure de la physique et des méthodes informatiques à des problèmes médicaux. Il a présidé plusieurs associations et commissions dont celle de la Division 2 du Fonds national de la recherche scientifique. Il est également docteur h.c. de l'Université de Neuchâtel et de l'Université de Cagliari et membre du Conseil suisse de la science.