Jean Guex s'intéresse principalement à la paléobiologie et à l'évolution des ammonites, ainsi qu'à l'utilisation de ces organismes fossiles pour la datation des roches sédimentaires. Pendant une vingtaine d'années, il a effectué de multiples missions de terrain en Afrique du Nord, au Moyen Orient et en Amérique du Nord, dans le cadre de ses recherches paléontologiques.