Après son doctorat, Marcel Jufer poursuit sa carrière chez Sécheron SA à Genève. En 1968, il est nommé professeur d'électromécanique au Département d'électricité de l'EPFL. Un des thèmes centraux de son champ d'activité est la recherche visant la conception et la mise au point de moteurs électriques à performances spécifiques. De nombreux travaux sont développés sur les aspects électriques, du projet de c?ur artificiel à celui plus récent de Swissmetro et Serpentine. Il publie régulièrement ses résultats dans des revues internationales de renom. Engagé dans le lancement de plusieurs spin-offs, il est fréquemment appelé en qualité d'expert dans différents pays et entreprises. Dès 1973, il assume à plusieurs reprises la charge de chef de département et dès 1970 et durant 20 ans, la présidence de la Commission de réforme.
Docteur honoris causa de trois universités européennes, il s'est distingué autant dans les activités de recherche de base que dans les applications industrielles. Il est auteur ou co-auteur de nombreux livres dont une partie importante destinée à l'enseignement.